杭州南站在东、西广场均设有两个进站口,分别位于一层和二层:一层进站口的门口设有行车道,自驾前往杭州南站乘火车或是送客,需在西广场一层进站口前落客平台下车,从一层进站口进站后,再到二层候车大厅候车。二层进站口的门口没有行车道,如果从这个进站口进站,需步行。