南昌到南京之间的直飞航班可能受多种因素影响。首先，航空公司根据市场需求、航线收益和运营成本来安排航班。如果某条航线的乘客量不足以保证航班的经济性，航空公司可能会选择取消或不开设直飞航班。

其次，航空公司还需要考虑飞机的调度和航线网络布局。有时，为了优化整体航线网络，提高飞机利用率，航空公司可能会设计转机航线而非直飞。

此外，空域管制、天气条件、季节性客流变化等也会对航班安排产生影响。例如，在旅游淡季，航空公司可能会减少或暂停某些航线的直飞服务。

如果南昌到南京之间暂时没有直飞航班，旅客可以选择转机航班，或者关注航空公司的公告，以获取最新的航线信息。随着市场需求的变化和航空公司策略的调整，直飞航班有可能会在未来恢复或新增。