住院费用中甲类、乙类和丙类药品的主要区别在于它们的报销性质和报销比例。甲类药品完全由基本医疗保险基金支付，报销比例为100%；乙类药品在参保人员自付一定比例后，剩余部分由基本医疗保险基金支付，报销比例通常在70%以上；而丙类药品不在医疗保险报销范围内，费用由参保人员自行承担。