全程综合水处理器主要通过以下原理进行工作：

活性铁质滤膜、机械变径孔阻挡及电晕效应场高频电磁场四位一体的综合过滤体，可以吸附在实际运行工况下各种水系统已形成的硬度物质及复合垢，降低其浓度，达到控制污垢及大部分硬度垢的目的。

通过换能器将特定频能量转换给被处理的介质——水，形成电磁极化水，使其成垢离子的排列顺序位置发生扭曲变形。当水温升高到一定程度时，处理后的水需经过较长一段时间方能恢复到原来的状态，从而达到控制形成硬度垢的目的。

高频电磁场使水的渗透能力与溶解度增大，并对金属表面的水垢薄弱环节纵向渗透到金属表面后，开始沿金属与水沟表面横向渗透，使水垢呈片状脱离金属表面，达到除垢的目的。

微电环境可遏制微生物的生长，破坏其生存环境，另外设备工作过程中生成的活性氧自由基，具有损伤生物大分子，改变菌类、藻类生存的生物场等作用，以达到杀菌、灭藻的目的。

利用复合过滤体系（表面过滤原理、多介质复合层、电能磁场效应）吸附、捕捉水中悬浮物铁锰离子、菌藻胶体等并排出系统，达到超净过滤的作用。

这些原理共同作用，使全程综合水处理器能够有效地处理水，提高水质，防止水垢和腐蚀，保护设备和系统的正常运行。