在工厂12小时两班倒中，员工的休息时间通常是在两个班次之间，通常为8个小时，这样能够保证员工在两个班次中充分休息，从而保证持续工作时的身心健康。此外，根据法律规定，员工每天工作时间不得超过12小时，每周不得超过60小时。在保证员工工作时间的前提下，雇主应该加强员工的健康教育，鼓励员工加强锻炼和休息，以增强身体素质和适应能力，提高工作效率。